Suite à un appel d'offre du Ministère de l'écologie, Deuxième labo a remporté le marché d'animation scientifique (réflexions, recommandations…) et technique (séminaires, outils web…) du programme REPERE. REPERE (2009-2012), lancé suite au Grenelle de l’environnement, est un réseau d’échange et de projets sur le pilotage de la recherche et l’expertise. Il se veut une plate-forme de dialogue, de proposition et de projets explorant les voies de la participation de la société civile organisée au pilotage de la recherche et de l’expertise. Il est conduit par la Direction de la recherche et de l’innovation (DRI) du Commissariat général au développement durable (CGDD).

Ce site contient plusieurs propositions tout à fait uniques en leur genre. Ainsi, une base de données de publications permet d'interroger à la volée la littérature portant sur le co-pilotage de la recherche et l'expertise, avec de nombreux critères de tri (année de publication, auteur, revue etc.). Cette base de données est constituée d'une collection CiteULike branchée via JSON sur un frontend SIMILE Exhibit.

Ailleurs, un wiki (Mediawiki) équipé d'un moteur de cartographie développé par la société Pikko Software permet de recenser les projets de recherche mené en partenariat avec la société civile et les institutions qui les ont portés, pour représenter graphiquement le réseau qu'ils forment et les connexions qu'ils établissent.