La identidad COMAGA tiene como símbolo una esfera ramificada en movimiento, que representa los 4 ejes fundamentales de la gestión institucional:

 

 

Desde un punto de vista figurativo, las ramificaciones de la esfera sugieren la confluencia de  ríos y cuencas, que hacen referencia a los valores y atributos del COMAGA que son: UNIÓN, FORTALEZA e INNOVACIÓN en el desarrollo y defensa de pueblos y culturas Amazónicas y de Galápagos.

 

Cromáticamente el símbolo representa a la nacionalidad ecuatoriana y a las cuatro regiones del país. Los colores amarillo, azul y rojo se asemejan a los colores patrios y el verde evoca a la diversidad natural y cultural Amazónica y de Galápagos.

 

A través de una tipografía moderna y compacta se refuerza los valores de unión, solidez, transparencia e innovación que persigue la institución hacia los municipios socios.