El conjunto del claustro y la capilla del Colegio se cuentan entre las edificaciones más antiguas del centro histórico de Bogotá. Fue uno de los primeros centros de enseñanza superior de la ciudad, vocación que ha mantenido desde la fundación. El edificio consta de dos plantas alrededor de un claustro, dotado de arquerías de medio punto, en el piso bajo, y de pórticos adintelados, en el piso alto. La capilla, aunque forma parte del conjunto, sobresale un poco. El aspecto general es neocolonial, con toques de eclecticismo debido a las restauraciones.

Los muros de adobe, las columnas o pies derechos y los balcones de madera y la cubierta de teja de barro llamada espa­ñola fueron características propias de esta arquitectura.

Cuando se mira la arquitectura como evidencia material de la intención de quien construye, se refleja el alma y el sentido en el significado de la obra. 

Las casas coloniales fueron creadas en otro mundo, en otras vidas, en otros pensamientos y significados y se construyeron para un sistema social y unos criterios existenciales en gran medida inexistentes hoy. Ocuparon tradicionalmente un lugar modesto entre las posesiones de los pobladores españoles de la Nueva Granada.Se podría concluir que la arquitectura de esta época era como un mestizaje artístico con influencia de la corona en la estética neogranadina. Estaban ubicadas en clima frío o cálido y eran de una planta la mayoría de casas y muy pocas eran de dos plantas. 

La Bordadita es la Virgen patrona del Colegio Mayor, a quien está dedicada la capilla ubicada al costado suroriental del Claustro.

La imagen está compuesta de elementos textiles y pictóricos. Se asocia a ella una leyenda de que fue bordada por una reina de España, a quien fray Cristóbal hizo devota del Rosario.

Erigida como el corazón del Claustro de Nuestra Señora del Rosario, la capilla de la Bordadita fue construida en el siglo XVII. Su fachada, cimentada en piedra, presenta un arco de ingreso que se abre sobre un paramento liso enchapado, encuadrado por columnas con capiteles corintios

el frontón, terminado en 1654, es de vuelta redonda y presenta cinco figuras en barro cocido y estucado. La Archivolta, con el Ave María en latín, data de 1883, mientras que la puerta original presenta claveteado renacentista en bronce y una cerradura del siglo XVII. La nave central es de bóveda y testero plano, en tanto sus muros, construidos en mampostería, tienen cerca de dos metros de espesor.