Fernão Dias Paes Leme (1608-1681), o caçador de esmeraldas, foi um bandeirante conhecido por sua hostilidade em relação aos povos indígenas e suas conquistas por meio da exploração de pedras preciosas. Considerado o homem mais rico de São Paulo na sua época, ele teve 13 filhos em seus dois casamentos. E foi o primogênito dele que entrelaçou a história da sua família com a da fundação de Paty do Alferes.

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Segundo o historiador Sebastião Deister, entre os anos 1700 e 1709, Garcia Rodrigues Paes Leme, seguindo os passos do pai bandeirante, abriu o "Caminho Novo", ligando "de forma mais rápida e segura" Minas Gerais e o porto da capital do Brasil, Rio de Janeiro. Durante suas andanças, ele se deparou com um local conhecido como "roça dos alferes".

Dados do Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE) apontam que o local era propriedade do alferes Leonardo Cardoso da Silva. Lá havia uma vasta plantação de palmeiras conhecidas pelo nome de patis. Daí, da junção da patente militar "alferes" ( equivalente ao posto de segundo-tenente) com as plantações avistadas por Garcia, surgiu o nome do município, que só seria fundado, de fato, em 1820.

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As terras férteis da região, que viria a ser o Vale do Café cem anos mais tarde, abrigou primeiro plantações de cana-de-açúcar. Dominado por uma aristocracia rural, a cidade viu crescer as fortunas de nobres intimamente ligados à Corte como o Visconde de Ubá, o Barão de Capivary e o Barão de Guaribú, para citar os mais famosos.

Ainda de acordo com o IBGE, Paty do Alferes crescia apenas dentro dos limites das grandes fazendas e não havia interesse pelo desenvolvimento urbano. Já a vizinha Nossa Senhora da Conceição de Vassouras, na beira da recém-aberta Estrada da Polícia, vivia o boom do crescimento urbano. Diante disso, em 1833, os vereadores concordaram em transferir a sede da vila para a localidade de Vassouras. A região entrou em grande decadência econômica no fim do século XIX. Em 1987, Paty do Alferes foi emancipada e mantém, até hoje, uma grande produção agrícola com o tomate, de onde vem seu título de maior produtor do estado e terceiro do Brasil.

Paty também é a terra natal de Joaquim Osório Duque-Estrada, compositor do hino nacional.