L'anno di inizio della sua costruzione è il 1490, quando alcuni frati ottennero da Papa Innocenzo VIII il permesso di costruire una gancia, cioè un ricovero per malati e bisognosi, al tempo fuori le mura cittadine, oggi invece collocata al centro della città di Palermo. Nasce così il convento, affidato ai Frati minori di San Francesco. Nei primi anni del XVI secolo nasce la chiesa di stile rinascimentale. Da quando la chiesa è stata completata, più stili artistici si sono sovrapposti, tra cui quello barocco. Vi sono opere di Gagini, Pietro Novelli e Giacomo Serpotta. Nel chiostro del convento è conservata la campana che diede inizio alla rivolta della Gancia del 1860.

 

La chiesa, incastonata tra gli edifici del centro storico, si trova a pochi passi dal porto, e nelle vicinanze di Palazzo Rostagni. La chiesa ha un'apertura principale non su una vasta e ampia piazza, bensì su uno stretto e caratteristico vicolo, appunto il Vicolo della Gancia. Una parte del convento è destinata all'Archivio di Stato di Palermo.

 

Al convento della Gancia sono legati i moti della rivolta antiborbonica del 1860: infatti è dal suo campanile che suonando la campana a stormo e inalberando una bandiera sul campanile, il 4 aprile, si diede il segnale per l'insurrezione. La campana si conserva nell'annesso cortile. Inoltre sul lato della chiesa di via Alloro, si trova la cosiddetta "buca della salvezza", esempio di pietà popolare non più usuale. La buca della salvezza è per l'appunto una buca, un foro, scavato sul lato esterno del transetto sulla via Alloro, da Gaspare Bivona e Filippo Patti, due patrioti, che nel 1860, per sfuggire alle milizie borboniche, si rifugiarono all'interno del convento fingendosi morti e nascondendosi sotto alcuni cadaveri di altri patrioti uccisi dai borbonici. Spinti dalla fame i due patrioti scavarono un foro verso l'esterno e, richiamando l'attenzione di alcune donne che si trovavano in un basso di fronte, chiesero il loro aiuto: queste per distrarre i borbonici inscenarono una lite e grazie alla collaborazione di un carrettiere, che li fece fortunosamente salire su un carretto colmo di paglia, i due patrioti riuscirono, infine, a mettersi in salvo. Sino agli anni sessanta dello scorso secolo era ancora usanza popolare recarsi in pellegrinaggio davanti alla buca per chiedere grazie.