La fundación de esta emblemática construcción fue antes de la fundación de Chihuahua, cuando se fundó se le conoció como capilla de San Cristóbal de Nombre de Dios, en la actualidad se le conoce como el templo de San Juan Bautista.

Ubicado cercano a la orilla del río Sacramento, la historia del actual templo de San Juan Bautista inicio en 1598, por deseo de Don Juan de Oñate, fue quien ordeno su edificación, sin embargo en 1645 la capilla fue quemada y arrasada por los indios Conchos, durante su famoso levantamiento. 

Para el año 1670 un grupo de Franciscanos misioneros reedifico la capilla, sin embargo finalmente durante el año 1897, se inicio con la construcción, en la que finalmente se edifico el templo que hoy conocemos como, la capilla de "San Juan Bautista".